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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已现示出丰富的微生物可溶性，比如抗肉瘤和抵抗毒帮助。一般是，三萜是在甲羟戊酸路经炼制的，并从天然蕨类植物蕨类植物和病菌中分离出来。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上投稿了名为“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的钻研参考文献。该钻研感觉三萜类无机化合物野生虫草酸（GA）是经过液态训练的无柄野生虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的微生物体流量转化形成的。能够转录组和核蛋白酶质组学科技进第一步打磨无柄虫草菌丝体中DHT形成哪几种虫草酸（GA）的缘由，并会按照两组学科技查重到的地域异同基因组和地域异同核蛋白酶，猜测DHT 微生物体制成 GA 的路线。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录多组分析和作用划分类别

凭借对无柄虫草细菌菌丝体参与转录组测序共得出67230个转录本和14293个单遗传基因组组。在以上单遗传基因组组中，49二个被评定为地域差异传达遗传基因组组（DEGs），中间213个传达调整，279个传达降低（图1A）。GO怪物丰度浅析后，DEGs以分成怪物的时候（BP）、体体细胞的成分（CC）和碳原子特点（MF）3类。在BP类中，展现了前四个子类：抗菌素深入分析分解的时候，乙酸盐分解的时候和甲酸盐分解的时候;而在CC类中，体体细胞外区、突触结合体、突触成分是前四个亚类。而对于MF类，甲酸脱氢酶（NAD）特异性、脱色完美重现酶特异性和酸氨（或酰胺）连接方式酶特异性是前四个亚类（图1B）。在DEGs的KEGG径路浅析中，前30条怪物丰度度最高的的径路含有27条是分解，中间甲烷气体分解、乙醛酸盐和二羧酸盐分解、丙酸盐分解预警径路不错怪物丰度（图1D）。

图1|转录混合物析和技能各类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

用对无柄虫草白色念珠菌菌丝体借助核营养素组学数据信息深入阐述，总计有认定了16,457种多样肽、2606种核营养素和2588种一定量核营养素。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的选择水平下，在此2606种核营养素中，94种被亲子鉴定为差距理解方法核球氨基酸（DEPs），另外52种上涨，42种变动（图2A），图2C提示了差距理解方法核球氨基酸的聚类深入阐述法数据信息深入阐述热图。从GO数据信息深入阐述来看看，BP种类提示，很大多DEPs借助乙酸盐分离步骤、四环素分离分离步骤和药剂分离分离步骤。CC类DEPs在生殖内部系外区、过被氧化反应物质酶体和微体中占占比最大，被氧化反应呈现酶活力酶和甲酸脱氢酶（NAD）活力酶在MF类中DEPs的占比最大（图2B）。与转录组结杲相似性，KEGG环路数据信息深入阐述提示，大部分DEPs在分离中菌物工程丰度，另外3条最菌物工程丰度的前提条件是光合菌物工程中的碳稳定、碳分离和MAPK无线信号环路（图2D）。凡此种种，用数据信息深入阐述GO数据信息库的CC对DEPs借助亚生殖内部系定位系统数据信息深入阐述和标注（图2E），DEPs通常划分在生殖内部系质（40.66%）、生殖内部系膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），按理来说上是GAs菌物工程合并的通常地址。

图2|淀粉酶质组的酶联免疫法解析和功用验证通过

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

谋生物应用和比组待选DEGs和DEPs开发了维恩图，有20个不同之处形容人类DNA组（图3A）。对转录组和球胆固醇组中E组和C组有的DEGs/DEPs使用聚类介绍法介绍，挖掘mRNA和球胆固醇区间内有16个上浮人类DNA组和6个再降人类DNA组，DEGs与他泰语翻译的DEPs形容情况呈正对应，依据Pearson的对应常数介绍，在转录组和球胆固醇组区间内判断到相对来说较高的对应性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检则效果表明，E组和C组1个DEGs的展现标准不不同性不错，这之中9个为上涨DEGs，二个为下跌DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的展现现象与转录多组分析效果不同。

图3|血清质组的按量具体分析和功能性效验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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